Бюджетним кодексом України не врегульовано питання розмежування видатків між державним та місцевими бюджетами на утримання міжшкільних навчально-виробничих комбінатів. 

Не передбачено фінансування міжшкільних навчально-виробничих комбінатів за рахунок освітньої субвенції ні в статті 103.2 кодексу, ні в статті 89, якою регламентується питання видатків, що здійснюються з бюджетів міст обласного значення, районних бюджетів, бюджетів об'єднаних територіальних громад.

За даними статистики в державі нараховується приблизно 210 таких навчальних закладів, де навчається майже 64 тисячі учнів.

ЦК Профспілки звернувся до профільного комітету Верховної Ради України та Міністерства освіти і науки з приводу необхідності законодавчого врегулювання питання фінансування міжшкільних навчально-виробничих комбінатів шляхом внесення змін до статті 103.2 Бюджетного кодексу України, доповнивши її таким типом навчальних закладів, або ж надати відповідні роз’яснення на місця щодо можливості спрямування видатків освітньої субвенції на оплату поточних видатків міжшкільних навчально-виробничих комбінатів, як закладів, що діють на підставі Положення про середній загальноосвітній навчальний заклад.